| 総務部 | 
            副官室 調査課 翻訳班 印刷班 写真班 | 
          
          
            | 兵要地誌班 | 
            調査班 図書班 人事課 庶務課 労務班 庶務室  
            食堂 酒保 学校 企画課 経理課 管理課 建設班  
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            第一部  
            部長:菊池斉 
            細菌研究 | 
            第一課(チフス) 田部班(班長:田部井和/チフス研究) | 
          
          
            第二課  
            コレラ | 
            湊班(班長:湊正男/コレラ研究) | 
          
          
            第三課  生理・マルタ管理 | 
            吉田班(健康診断)  宮川班(レントゲン)  在田班(レントゲン)  栗秋班(薬理)
             草味班(班長:草味正夫/薬理研究)  
            石井班(捕虜入出管理)  蓬田班(捕虜入出管理)   特別班(特設監獄) | 
          
          
            第四課 赤痢 | 
            江島班(班長:江島真平/赤痢研究) | 
          
          
            第五課 ペスト | 
            高橋班(班長:高橋正彦/ペスト研究) | 
          
          
            第六課 (病理) | 
            石川班(班長:石川太刀雄丸/病理研究)  岡本班(班長:岡本耕造/病理研究) | 
          
          
            第八課 (リッケチア) | 
            野口班(班長:野口圭一/リケッチア・ノミ研究) | 
          
          
            第九課 (水棲昆虫) | 
            田中班(班長:田中英雄/昆虫研究) | 
          
          
            第十課 (血清) | 
            内海班(血清研究)  小滝班(ツベルクリン) | 
          
          
            第十一課 (結核) | 
            肥之藤班(脾脱疽)  太田班(班長:太田澄/炭疽研究)  
            樋渡班  降旗班(ペスト)  金沢班  貴宝院班(天然痘) 二木班(班長:二木秀雄/結核研究)   笠原班(班長:笠原四郎/ウイルス研究)   吉村班(班長:吉村寿人/凍傷研究) | 
          
          
            第二部 (実施研究) | 
            八木沢班(班長:八木沢行正/植物菌研究)  焼成班(爆弾製造)  田中班(昆虫)  篠田班(昆虫)   
            安達実験場 | 
          
          
            第三部 (防疫給水) | 
            庶務課  第一課(検索)  第二課(毒物検知)  
            工作班(濾水機)  濾水機・弾筒製造窯 | 
          
          
            第四部  
             部長:川島清  軍医少将 細菌製造 
             | 
            第一課(華頂:柄沢十三夫 軍医少佐/培養生産)  野口班(ペスト・脾脱疽) 第二課  第三課(乾燥菌・ワクチン)第四課(ワクチン) 有田班(班長:有田正義/発疹チフス・ワクチン)
             植村班(瓦斯壊疽・脾脱疽) 朝比奈班(班長:朝比奈正二郎/発疹チフスおよびワクチン製造) 
             | 
          
          
            教育部 
            部長:西俊英  軍医中佐 隊員教育 | 
             庶務課  教育課  衛生兵  炊事班  診療所  錬成隊  少年隊    | 
          
          
            | 資材部 | 
            実験用資材 | 
          
          
            | 庶務課 | 
            第一課(薬品合成) 山口班(細菌弾) 堀口班(ガラス)  
            第二課(購買補給) 第三課(濾水機) 第四課(倉庫)  
            第五課(兵器保管) 第六課(動物飼育) 
             | 
          
          
            | 診療部 | 
            (付属病院) 伝染病棟  診療室  家族診療所  憲兵室  保機隊 | 
          
          
            牡丹江支部 満州第643部隊 支部長  尾上正男 軍医少佐 
             | 
            総務課  経理課  第一課  第二課  第三課  資材課  教育課 | 
          
          
            林口支部 満州第162部隊 
             | 
            総務課  第一課  第二課 資材課 教育課 | 
          
          
            孫呉支部 満州第673部隊 
            支部長 西俊英  軍医中佐 
             | 
            総務課 第一課  第二課 資材課  教育課 | 
          
          
            海拉爾支部 満州第543部隊 
             | 
            総務課  第一課  第二課  資材課  教育課 | 
          
          
            大連支部 満州第319部隊 
             | 
            総務部  研究部  製造部 |